Techniki Tajemne. Ich tajniki zgłębiają jedynie osoby, posiadające do tego odpowiednie zdolności. W większości są to członkowie starych klanów, gdzie używa się nieznanej nikomu sztuki, jak na przykład techniki Haku. Pozwalają one na rzeczy, których normalny ninja nigdy nie byłby w stanie dokonać bez wkładu ogromnej pracy i wysiłku. Techniki Hijutsu potrafią mieszać żywioły bez większych problemów, tworząc całkiem nowe i o wiele potężniejsze (np. Woda i Ziemia daje Drzewo, który to żywioł opanował jedynie Pierwszy Hokage). Przykładowymi technikami z tej kategorii to Sensatsu Suishou (Tysiąc Śmiercionośnych Igieł Wody), Makyou Hyoushou (Lodowy Kryształ Diabelskich Luster), Jukai Koutan (Stworzenie Lasu).