Są to techniki oczne. Używane jedynie przez ninja urodzonych w klanach, posiadających specyficzne zdolności, czyli Hekke Genkai (Zaawansowane Więzy Krwi). Jak do tej pory znane nam są tylko dwa Doujutsu: Sharingan i Byakugan.

Sharingan to tak zwane „kopiujące oczy”, których używać mogą jedynie członkowie klanu Uchiha. Są one zdolne do kopiowania technik Ninjutsu, Taijutsu i Genjutsu. Potrafią również przewidywać ruchy przeciwnika z wyprzedzeniem ułamka sekundy, aby użytkownik miał więcej czasu na reakcję. Poza tym bardziej wykwalifikowani Uchiha potrafią używać Sharingana - a dokładniej Mangekyou Sharingan - do technik Genjutsu.

Byakugan, czyli „białe oczy”, to karta atutowa klanu Hyuuga. Dzięki niemu można widzieć z przybliżeniem na odległość nawet kilku kilometrów. Do tego prześwietla on przedmioty niczym rentgen, przez co nie ma dla niego przeszkody w postaci skały czy drzew. Oprócz tych podstawowych umiejętności Hyuuga może widzieć także cyrkulację chakry przeciwnika.